روز ۱۶ مهر ۱۳۰۷ آیت‌الله سیدحسن مدرس از مخالفان رضاشاه و نماینده پیشین مجلس شورای ملی بازداشت و به خواف تبعید شد.
«تاریخ ایرانی» نوشت: پس از برگزاری انتخابات دوره هفتم مجلس شورای ملی و اعلام نتایج آن معلوم شد که آیت‌الله سیدحسن مدرس نماینده منتقد دولت در تهران حتی یک رأی هم در صندوق به نامش خوانده نشده است. وی در اعتراض به این نتایج در سخنرانی مبسوطی گفت: «اگر باور کنیم که هیچ‌یک از مردم تهران به من رأی ندادند ولی من خودم شخصاً به پای صندوق انتخابات رفته یک رأی به خودم دادم. پس این یک رأی که به نام مدرس بود در صندوق چه شد؟» این سخن، محافل سیاسی و گردانندگان انتخابات را به وحشت انداخت. بازتاب سخنان مدرس در باب تشکیک در صحت انتخابات دربار را به فکر انداخت تا از در صلح وارد شود. اینچنین بود که فردی از سوی شاه نزد مدرس آمده اعلام کرد که اعلیحضرت احوالپرسی نموده، گفتند چون شما از تهران انتخاب نشده‌اید اجازه بدهید که کاندیدای یکی از شهرستان‌ها شوید و دستور دهم انتخاب گردید! مدرس در پاسخ به تندی گفت که به سردار سپه بگو اگر مردی، مردم را آزاد بگذار تا ببینی من از چند شهر انتخاب می‌شوم والا مجلسی که به دستور تو، من نماینده‌اش گردم باید درش را لجن گرفت. آن شخص هم مأیوسانه به عرض رضاخان رساند که مدرس چنین گفت.
شاه چاره را منحصر به این می‌بیند که به او تکلیف کند از سیاست کناره‌جویی نماید و این پیغام نیز به مدرس رسانده می‌شود. جواب باز معلوم است، می‌گوید: «من وظیفه انسانی و شرعی خویش را دخالت در سیاست و مبارزه در راه آزادی می‌دانم و به هیچ عنوان دست از سیاست برنمی‌دارم و هر کجا هم باشم همین است و بس.»
اینچنین بود که شاه دستور تبعید مدرس به یکی از شهرستان‌ها را صادر کرد. فرمانی که رییس شهربانی به همراه گروهی از نیروهایش آن را در میانه مهرماه ۱۳۰۷ به اجرا درآوردند. آنان به منزل آیت‌الله مدرس هجوم برده و پس از ضرب و شتم، وی را بدون عمامه، عبا و کفش از خانه بیرون آورده و به مأموران شهربانی مشهد تحویل دادند. مدرس پس از آن به شهر خواف تبعید شد.
حسین مکی در این‌باره می‌نویسد: «مدرس در زمان سلطنت رضاخان نایب‌التولیه مسجد سپهسالار بود و در آنجا به تدریس فقه می‌پرداخت. ضمن تدریس فقه در باب مزدحم اظهار کـرده بـود کـه در ازدحـام اگـر کـسـی کـشـتـه شـود خـونـش هـدر اسـت و دیـه آن را بـایـسـتـی حـاکـم شـرع بـپـردازد. مـثـال آورده بـود که مثلا روز سوم حمل اگر سردار سپه در مجلس کشته شده بود، خونش هدر بود و دیه آن را می‌بایستی حاکم شرع بپردازد. جاسوس‌های رضاخان سخن سید را به گوش سردار سپه می‌رسانند و او هم به خاطر همین حرف، دستور تبعید سید را به خواف می‌دهد و بـعـد هـم فرمان قتل او را صادر میکند.»
علی مدرسی، نوه دختری مدرس در کتابی با عنوان «مدرس شهید، نابغه ملی» روایتی دست اول از ماجرای بازداشت و تبعید پدربزرگش دارد؛ روایتی که حاصل گفت‌وگو با فرزندان وی و تلفیق گفته‌هایشان است. مدرسی در این کتاب می‌نویسد: «عصر روز دوشنبه ۱۶ مهرماه ۱۳۰۷ بود که مدرس به عادت همیشگی خود برای رسیدگی به اوضاع مدرسه سپهسالار و امتحان طلاب به کتابخانه مدرسه آمده و به اتفاق عده‌ای دیگر به کار پرداختند. در این هنگام خواهرزاده‌اش محمدحسین مدرسی که آن روز‌ها در مدرسه سپهسالار حجره داشته و در ردیف طلاب علوم دینی بود را احضار و به وی دستور می‌دهند که در حجره خویش چای تهیه و بیاورد. مشارالیه متوجه می‌گردد که علاوه بر یک نفر بازرس (کارآگاه) که همیشه حتی در هنگام حمام رفتن مدرس هم همراه ایشان بود یک نفر پاسبان نیز اضافه شده و هنگامی که مدرس وارد حجره خواهرزاده خود می‌گردد آن دو نفر (بازرس و پاسبان) نیز همراه ایشان داخله حجره می‌شوند. مدرس در حالی که اول به آنان چای تعارف می‌نماید، پس از صرف یکی دو فنجان و لحظه‌ای استراحت برخاسته و در حالیکه غروب آفتاب نزدیک بوده به سوی منزل حرکت می‌نمایند. البته مأمورین هم طبق دستور همراه ایشان می‌روند. پس از اینکه وارد منزل می‌شوند، تا پاسی از شب گذشته مدرس در اطاق مخصوص خویش که نسبتاً بزرگ و فرش آن عبارت از زیلوی کهنه‌ای بود که تا نیمی از کف اطاق را می‌پوشانیده و تمام محتویات آن اطاق عبارت از یک منقل گلی، چند استکان و یک قوری همراه با یک قلیان و چند جلد کتاب بیش نبود سرگرم مطالعه می‌گردند، که ناگاه صدای در منزل بلند می‌شود. خدمتکار خانه که مردی به نام عمواوغلی بود در را باز میکند. به مجرد باز شدن در خانه، «درگاهی» رئیس شهربانی با عده بسیار زیادی پاسبان به درون ریخته و صحن خانه پر از مأمورین مسلح می‌گردد. فرزندان مدرس که در اطاق‌های مختلف بوده‌اند از آن همه همهمه و سر و صدا بیرون ریخته و یکی پس از دیگری بدین ترتیب مورد خشم و توقیف مأمورین قرار می‌گیرند. آقاسیداسماعیل پسر بزرگ ایشان پس از اینکه از چند جای بدن مجروح می‌شود در زیرزمین خانه محبوس می‌گردد. آقای دکتر مدرس (سیدعبدالباقی) فرزند دیگر مدرس را توقیف و به کلانتری محل برده و زندانی میکنند. دختر بزرگ مدرس به نام خدیجه بیگم خود را به صحنه حیاط رسانده و به دستور درگاهی پاسبانان او را به زور به سوی یکی از اطاق‌ها می‌برند و چون مقاومت می‌نماید در اطاق را به شدت می‌بندند که در اثر ضربه‌ای که به بدن او وارد می‌شود بیهوش می‌گردد. دختر دیگر مدرس به نام فاطمه بیگم که فرزند کوچک بود با فریاد و فغان از اطاقی به طرف اطاق دیگر می‌دود و با زاری و فریاد کمک می‌طلبد، که پاسبانان او را نیز در اطاقی تاریک زندانی میکنند.
مدرس در حالیکه کاملاً متوجه جریان گشته شدیداً به درگاهی اعتراض می‌نماید که خلاف اصول انسانی و قانون است بدین ترتیب وارد خانه دیگران گشتن و حقوق طبیعی و قانون افراد را پایمال نمودن. وقتی فریاد اعتراض مدرس بلند می‌شود، عده‌ای از پاسبانان دست از بیداد برداشته و درگاهی وقتی که چنین می‌بیند پاسبانی را به بیرون از خانه فرستاده و او پس از لحظه‌ای با عده زیادی پاسبان وارد منزل می‌گردد و در حقیقت سربازان تازه نفسی را وارد میدان کارزار میکند. سپس درگاهی نامهای را که حکم تبعید بود به دست مدرس می‌دهد، و او را در حالیکه نه عمامه بر سر داشته و نه عبا بر دوش گرفته با ضرب و شتم فراوان و بدون اینکه بگذارد آن سیدجلیل حتی کفش به پای خود نماید از خانه بیرون می‌برد… مدرس را از میان صفوف بهت‌زده مأمورین و تفنگداران شهربانی که سراسر کوچه را پر کرده بودند به همان وضع به داخل ماشینی که در سر کوچه منتظر بود می‌کشانند و در حالیکه از شدت درد به خود می‌پیچد و ضربه چکمه درگاهی سینه او را در هم کوبیده و در اثر آن به قلب آسیب رسیده، او را از تهران خارج می‌نمایند. اما مدرس را بعد از خروج از تهران در مهدی‌آباد راه خراسان پیاده نموده و به صرف شام دعوت میکنند ولی ایشان غذا نخورده و از ضربه چکمه پا که به محاذات قلب خورده بود بسیار ناراحت و درد می‌کشیده‌اند. پس از اندک توقف بدون اینکه بگذارند مدرس لحظه‌ای بیاساید به سوی شهر مشهد حرکت می‌نمایند و بدون درنگ آن همه راه خسته‌کننده را پیموده در شش فرسخی مشهد به مأمورین شهربانی که آنجا قبلاً مهیا بوده‌اند تحویل می‌دهند، و از آنجا ایشان را به یکی از دیه‌های اطراف برده و تا تعیین مقصد اصلی در اطاقی زندانی میکنند.»
مدرس را چندی بعد به قلعه خواف تبعید کردند. مدرس مدت ۷ سال در خواف در منزلی که فقط یک اتاق داشت، توسط ماموران زیادی تحت نظر بود و اوضاع خوبی نداشت. او در نامه کوتاهی که در سال ۱۳۱۴، به مشهد برای شیخ احمد بهار می‌فرستد تا شیخ احمد آن را به ملک‌الشعرای بهار برساند، می‌نویسد: «زندگانی من از هر حیث دشوار است، حتی نان و لحاف ندارم.»
سـرانـجـام مـدرس را پس از ۹ سال اسارت در قلعه خواف در ۲۲ مـهـر ۱۳۱۶ از خواف به کـاشـمـر (تـرشیـز) منتقل مـی‌کنند. رئیـس شـهـربـانـی کـاشـمـر مـامـور قتل مدرس می‌شود، اما وی به این کار تن در نمی‌دهد، در نتیجه ماموریت به سه تن دیگر که پیشتر نصرت‌الدوله را به قتل رسانده بودند سپرده می‌شود. در حوالی غروب ۲۷ رمضان ۱۳۵۶ برابر با دهم آذر ۱۳۱۶ شمسی سه مزدور به نامهای جهانسوزی، خلج و مستوفیان نزد مدرس آمده و چای سمی را به اجبار به او می‌دهند. بعد از چندی که می‌بینند از اثر سم خبری نیست، عمامه او را در حین نماز از سرش برداشته، بر گردنش می‌اندازند و مدرس بدین ترتیب در سن ۶۹ سالگی به شهادت می‌رسد. قاتلان جنازه مدرس را شبانه به غسالخانه برده و در کـاشـمـر بـه خـاک سپردند.
