اولین صف‌بندی بین دو جناح روحانیت بر سر اقتصاد دولتی و خصوصی شکل گرفت.
روزنامه شرق نوشت:بررسی کارنامه دولت اول جنگ دولت سوم، آغاز منازعه چپ و راست ۲۸ مهرماه ۱۳۶۰ روحانی جوانی در مجلس به سمت تریبون رفت و در مخالفت با علی‌اکبر ولایتی برای سمت نخست‌وزیری نطق کرد؛ او سیدمحمد خاتمی بود، نماینده اردکان. از ۲۰۵ نماینده حاضر در جلسه روز ۳۰ مهر، ولایتی موفق به کسب تنها ۷۴ رأی موافق شد؛ نخست‌وزیری که منتخب رئیس‌جمهور جدید و از مؤسسان حزب جمهوری اسلامی بود. نمایندگان از میان پنج نام دیگر (مصطفی میرسلیم، محمد غرضی، حسن غفوری‌فرد، علی‌اکبر پرورش و میرحسین موسوی) به نخست‌وزیری وزیر امورخارجه رأی دادند؛ میرحسین موسوی نخست‌وزیر شد و ولایتی بر کرسی پیشین او، وزارت امور خارجه، نشست. آیت‌الله خامنه‌ای ابتدا دکتر ولایتی را برای احراز پست نخست‌وزیر به مجلس معرفی کرد، اما او نتوانست رأی اعتماد مجلس را کسب کند. ولایتی ماجرا را این‌گونه روایت می‌کند: «بنده در مهرماه سال ۱۳۶۰ به عنوان اولین نخست‌وزیر در دولت ایشان معرفی شدم، اما به دلیل مخالفت سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی رأی نیاوردم. آن زمان هنوز شکافی بین سازمان مجاهدین رخ نداده بود، لذا تمام تلاش خود را به کار گرفتند تا آقای موسوی نخست‌وزیر شود».
بسیاری معتقدند نطفه راست و چپ اسلامی یا همان اصولگرا و اصلاح‌طلب بعدی که با اختلافات درون حزب جمهوری اسلامی بسته شده بود، با نخست‌وزیری میرحسین تثبیت شد و آغازگر ماجراهایی شد که نزدیک به ۴۰ سال است ادامه دارد. عمده این منازعه که در سال‌های بعد رنگ سیاسی به خود گرفت، در دوران دولت میرحسین موسوی رنگ اقتصادی داشت. جمعیت مؤتلفه، بازاریان و سرمایه‌داران را راست سنتی نامیده و یادآور شده است که این جناح از حمایت کانون‌های قدرت بیرونی مثل جامعه روحانیت مبارز و جامعه مدرسین قم برخوردار بودند. این اختلافات البته در آغاز دولت دوم میرحسین رنگ و بوی جدی‌تری به خود گرفت. اواخر مجلس اول و در آستانه انتخابات مجلس دوم، پاره‌ای از اختلافات بر سر فهرست انتخاباتی جامعه روحانیت مبارز در تهران بروز کرد. در آن هنگام (سال ۱۳۶۳) اولین صف‌بندی بین دو جناح روحانیت بر سر اقتصاد دولتی و خصوصی شکل گرفت؛ فضای سیاسی به‌گونه‌ای رقم خورد که میان اعضای دولت و مجلس درباره نوع رویکرد به اقتصاد بازار آزاد یا اقتصاد دولتی تفاوت دیدگاه به وجود آمد.
عمده نیروهای حزب جمهوری اسلامی و در رأس آن جامعه روحانیت مبارز و جمعیت مؤتلفه اسلامی به سمت اقتصاد باز و ترویج و تقویت بخش خصوصی پیش رفتند و این رویکرد با نظر غالب اعضای هیئت دولت در تضاد بود. رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر اکنون پس از تجربه یک جناح‌بندی و رقابت در درون حزب جمهوری، رقابت در سطحی بالاتر، در عرصه حکومت‌داری را تجربه می‌کردند. کابینه میرحسین موسوی نیز به‌این‌ترتیب نمایشی بود از صف‌بندی سیاست‌مردان منتقد با یکدیگر که اگر در جبهه چپ کابینه، موسوی صدرنشین بود و در کنار او بهزاد نبوی (وزیر صنایع)، محمد خاتمی (وزیر فرهنگ) و محمدعلی نجفی (وزیر علوم) قرار داشتند، در آن سوی میدان کابینه نیز علی‌اکبر ناطق‌نوری در مقام وزیر کشور قرار داشت و رقبای دیگر نیز یک‌به‌یک ایستاده بودند؛ حبیب‌الله عسگراولادی (وزیر بازرگانی)، احمد توکلی (وزیر کار)، علی‌اکبر ولایتی (وزیر خارجه) و مرتضی نبوی (وزیر پست). در همان روزی که کابینه موسوی به مجلس معرفی شده بود، مخالفت‌هایی که با برخی وزرا صورت گرفت، نشانه‌ای از همین اختلاف‌نظرها داشت. ازجمله مرتضی الویری در مخالفت با وزارت عسگراولادی مسلمان گفته بود: «وی و کسانی که با ایشان هستند به یک بازرگانی آزاد معتقدند و این یک اشکال بزرگ دارد. سیاست ایشان در تجارت آهن، نشان‌دهنده این امر است».
از آن سو عسگراولادی به همراه برخی از وزاری همفکر، نامهای به امام خمینی(ره) می‌نویسند و از سیاست‌های میرحسین موسوی گله می‌کنند. عسگراولادی، ناطق‌نوری، ولایتی، توکلی، رفیق‌دوست، مرتضی نبوی و پرورش در بخشی از نامه خود نوشته بودند: «عده‌ای در دولت به دنبال دولتی‌کردن مردم هستند و عده‌ای به دنبال مردمی‌کردن دولت… اگر بخواهیم از این بن‌بستی که دچار آن شده‌ایم، بیرون بیاییم و قفل اقتصاد کشور باز شود، باید به‌دنبال مردمی‌کردن اقتصاد باشیم». احمد توکلی درباره استعفای خود و آقای عسگراولادی می‌گوید: «امام جواب این نامه را ندادند تا اینکه آقای ناطق‌نوری خدمت امام رسیدند. امام در این دیدار فرموده بودند که این دو گروه باید با هم تفاهم کند. آقای ناطق هم استدلال‌های خودشان را درباره اینکه چرا تفاهم امکان‌پذیر نیست، برای امام بیان کرده بودند و درنهایت امام فرمودند در زمان جنگ، استعفای هفت نفر از کابینه کار صحیحی نیست. در نهایت و بعد از این دیدار، ما هفت نفر به این نتیجه رسیدیم که بنده و آقای عسگراولادی که وزیر بازرگانی بود و در شورای اقتصاد جلوی برخی طرح‌ها مقاومت می‌کردیم، استعفا دهیم».
تقابل میان بخشی از کابینه با نخست‌وزیر گاه آن‌قدر جدی به نظر می‌رسید که کار به آنجا رسیده بود که نخست‌وزیر گلایه‌هایش از برخی وزرای کابینه خود را با رئیس مجلس در میان می‌گذاشت. موسوی نزد هاشمی می‌رفت و شکایت از محمد غرضی که کلید وزارت نفت را به او سپرده بود، نزد او می‌برد. از آن سو، وزرای کابینه نیز گاه‌به‌گاه سمت‌وسوی دفتر و خانه هاشمی‌رفسنجانی را می‌گرفتند تا شکایت از نخست‌وزیرشان را با او در میان بگذارند. این مواجهات ادامه داشت تا آنجا که یک بار که هیئت دولت به دیدار رهبر انقلاب رفته بودند، پس از آنکه میرحسین موسوی گزارش خود را ارائه داد و نوبت به امام رسیده بود تا گفتار خویش را بازگوید، علی‌اکبر ناطق‌نوری بلندگو را در دست گرفت و حاضران را با سخنان انتقادی خود در نقد نگاه دولت به بانکداری، در حیرت فرو برد. از آنجا که تقریبا تمام دوران نخست‌وزیری میرحسین موسوی هم‌زمان با جنگ ایران و عراق بود، عموما از او با عنوان «نخست‌وزیر جنگ» یاد می‌شود. سیاست‌های انقباضی دولت او در آن دوران که به عقیده خیلی‌ها ناگزیر بود و به‌ویژه توزیع کالاهای اساسی با کوپن از جمله ویژگی‌هایی است که دولت موسوی را با آنها می‌شناسند. اولویت اصلی جنگ بود و اقتصاد جنگ‌زده، کوپنی و مردم‌گرا. در دوره نخست‌وزیری میرحسین موسوی با وجود همه اختلاف‌ها و ناهمسویی‌ها در کابینه و با اینکه اکثر عوامل مؤثر بر نرخ رشد تولید ملی منفی عمل می‌کردند و کشور شاهد شوک‌های منفی برون‌زا بود، صرف نظر از وجود شرایط جنگی، بهترین و بالاترین رکوردهای تاریخ اقتصادی بعد از پیروزی انقلاب ثبت شد و در یک دوره کوتاه که قیمت نفت مساعدت کمی داشت، به بالاترین نرخ رشد اقتصادی رسیدیم که آن رقم تاکنون تکرار نشده است.
پایین‌ترین نرخ تورم متعلق به همان دوره است. پایین‌ترین نرخ تورم از سال ۱۳۵۳ تاکنون مربوط به دوره دولت سوم است. درحالی‌که در شرایط جنگی نرخ تورم می‌تواند به بیشترین ارقام خود برسد، اما افزایش دوبرابری سهم امور اجتماعی در کل هزینه‌های دولت در همین دوران رخ داد. کتابی از سوی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی تحت عنوان حفظ آثار دفاع مقدس منتشر شده است. این کتاب حاوی آمارهای جالبی از دوران جنگ است که برای بررسی اقتصاد ایران در آن هشت سال مفید است؛ برای مثال در این کتاب تعداد کارمندان دولتی در ایران با یک کشور پیشرفته صنعتی نظیر فرانسه در جنگ جهانی دوم مقایسه شده است، البته با این تفاوت که جنگ تحمیلی طولانی‌تر از جنگ جهانی دوم بود. بر اساس این آمار، در این خلال کارمندان دولتی در فرانسه از ۷۰۰ هزار نفر در ابتدای جنگ به حدود دو میلیون نفر در پایان جنگ رسیدند، ولی این رشد تعداد کارکنان دولتی در ایران از یک‌میلیون‌و ۶۰ هزار نفر فقط به یک‌میلیون‌و ۴۱۲ هزار نفر رسید. همچنین به گواه اسناد منتشرشده در سازمان برنامه‌وبودجه سابق در دوره اقتصاد جنگی، بهره‌وری کل عوامل در اقتصاد ایران به‌طور متوسط پنج برابر بهره‌وری در دوره مشابه پس از جنگ بوده و این موارد، بخشی از دستاوردهایی است که در اسناد رسمی به‌طور مکرر دیده می‌شود. یکی از سیاست‌گذاری‌های دولت‌های دهه ۶۰ جلوگیری از مهاجرت روستاییان به شهرها با افزایش وام‌های بانکی به این قشر در سال‌های ۶۱، ۶۲، ۶۳ و ۶۴ بود تا وضعیت روستاییان را تا حدودی سامان دهد؛ تا جایی که متوسط درآمد روستایی در فاصله زمانی هفت‌ساله از سال ۵۷ تا ۶۴، ۷۱ درصد رشد کرد، درحالی‌که درآمد شهری در این مدت ۳۴ درصد افزایش یافت. ماجرای مبارزه با احتکار و گران‌فروشی، در سال‌های نخست دهه ۶۰ و دولت نخست موسوی بسیار پررنگ بود؛ چه در سخنان تهدیدآمیز نخست‌وزیر، چه طرح‌های مجلس و چه دادستانی؛ تا جایی که یکی از سوژه‌های ثابت نشریات طنز و کاریکاتور هم همین ماجرای احتکار و مبارزه با گران‌فروشی بود. طرح بحث احداث متروی تهران برای نخستین‌بار، تغییر ستاد انقلاب فرهنگی به شورای انقلاب فرهنگی، آزادی خرمشهر، بازگشایی دانشگاه‌ها بعد از انقلاب فرهنگی، محاکمه سران حزب توده، درگیری‌های خرداد ۶۰ و ورود سازمان منافقین به فاز مسلحانه از جمله اتفاقات دولت سوم بود.
