به موجب بند ۳ تبصره ۸ قانون بودجه سال ۱۳۹۸ مقرر شده در معاملات پیمانکاری که کارفرما یکی از دستگاه‌های اجرایی موضوع ماده ۵ قانون خدمات کشوری باشد، کارفرما موظف است همزمان با پرداخت، مالیات ارزش افزوده متناسب با آن را به پیمانکار پرداخت کند. تا زمانی که کارفرما مالیات بر ارزش افزوده را به پیمانکار پرداخت نکرده باشد، سازمان امور مالیاتی کشور حق مطالبه آن را از پیمانکار یا اخذ جریمه دیرکرد از وی را نخواهد داشت.
در مواردی که بدهی کارفرما به پیمانکار به صورت اسناد خزانه اسلامی پرداخت می‌شود، در صورت درخواست پیمانکار، کارفرما موظف است این اوراق را عیناً به سازمان امور مالیاتی کشور تحویل دهد. سازمان امور مالیاتی معادل مبلغ اسمی اوراق تحویلی را از بدهی مالیاتی پیمانکار کسر و اسناد مذکور را به خزانه داری کل کشور ارائه می‌کند. خزانه داری کل کشور موظف است معادل مبلغ اسمی اسناد خزانه تحویلی را به عنوان وصولی مالیات منظور کند.
بر این اساس رییس سازمان امور مالیاتی در راستای اجرای حکم مزبور و وحدت رویه در اجرا موارد ذیل را به ادارات کل امور مالیاتی استان‌ها ابلاغ کرد:
۱. ادارات کل امور مالیاتی مکلفند فرم تعیین میزان وجوه پرداخت نشده به پیمانکاران توسط دستگاه‌های اجرایی موضوع ماده ۵ قانون مدیریت خدمات کشوری در سال ۱۳۹۸ را جهت تکمیل به پیمانکاران ارائه نمایند.
۲. پیمانکاران موضوع این بند مکلفند نسبت به تکمیل فرم موضوع بند یک این دستورالعمل برای دوره‌های مالیاتی سال ۱۳۹۸ اقدام و پس از مهر و امضا و تأیید کارفرماهای مربوط به اداره کل امور مالیاتی ذیربط تحویل نمایند.
۳. ادارات کل امور مالیاتی مکلفند در پایان هر یک از دوره‌های مالیاتی سال ۱۳۹۸ وجوه پرداخت نشده به پیمانکاران که به تایید کارفرمای موضوع ماده ۵ قانون مدیریت خدمات کشوری رسیده است را احصا و حسب مورد نسبت به دریافت بدهی پیمانکار در راستای قسمت اخیر بند صدرالاشاره با توجه به سازوکاری که خزانه داری کل کشور اعلام می‌نماید و ماده ۹ قانون حداکثر استفاده ازتوان تولیدی و خدماتی در تامین نیازهای کشور و تقویت آنها در امر صادرات و اصلاح ماده ۱۰۴ قانون مالیات‌های مستقیم اقدام نمایند.
۴. پیمانکاران موظفند در مواردی که مقرر است بابت مطالبات‌شان اسناد خزانه پرداخت شود، مراتب درخواست خود به کارفرما مبنی بر تحویل اوراق مزبور معادل بدهی مالیات بر ارزش افزوده و جرایم متعلقه خود را به اداره کل امور مالیاتی ذیربط اعلام نمایند.
تذکر ۱: اخذ و احتساب اسناد خزانه اسلامی از کارفرما برای صرفا مالیات و جرائم مالیات به تناسب مطالبات پیمانکار از کارفرما که مقرر است در سال جاری به پیمانکار پرداخت شود بلامانع است.
تذکر ۲: با توجه به اینکه عوارض موضوع قانون مالیات بر ارزش افزوده، متعلق به شهرداری‌ها و دهیاری‌ها است، اخذ و احتساب اسناد خزانه اسلامی برای بدهی عوارض و جرایم آن امکان‌پذیر نیست.
