کسری بودجه که یکی از معضلات اصلی اقتصاد ایران به حساب می‌آید، زمانی رخ می‌دهد که دولت منابع کافی برای هزینه‌های خود نداشته باشد اما حاضر هم نشود از هزینه‌هایش بکاهد. در واقع منفی شدن تراز درآمدها و هزینه‌ها در طول اجرای یک سال قانون بودجه را کسری بودجه می‌گویند.
اما دلیل روی دادن کسری بودجه چیست؟ عدم کنترل و ساماندهی صحیح هزینه‌ها و درآمدهای دولت منجر به ایجاد کسری بودجه می‌شود. برای محاسبه میزان کسری بودجه در اقتصاد باید اختلاف بین درآمدها و پرداخت‌های دولت اندازه‌گیری شود. دولت در طول سال اجرای بودجه همواره تلاش می‌کند تا به اندازه‌ای که منابع وصول می‌شوند هزینه کند. طبعا هر قدر هم منابع وصول نشوند ممکن است از مصارف خود کم کند.
مثلا سالانه به دلیل عدم تحقق منابع بخشی از بودجه عمرانی اختصاص نمی‌یابد. اما بخشی از هزینه‌ها که یا واقعا ضروری هستند یا دولت تمایل دارد که پرداخت عملا اجتناب ناپذیر تلقی می‌شوند. این مواقع اگر منابع به اندازه کافی وصول نشود دولت از هیچ تلاشی برای تامین منابع برای این مخارج دریغ نمی‌کند. به بیان دیگر مساله اصلی این است که در بودجه سال‌های اخیر هزینه‌های اجتناب ناپذیر در مقابل منابع غیرقابل تحقق قرار می‌گیرند.
لازم به ذکر است که درآمد حاصل از صادرات نفت و گاز، مالیات، فروش ارز، انحصارها و مالکیت دولت، فروش کالا و خدمات، بهره دریافتی بابت وام‌های پرداختی دولت به خارج و غیره جزء درآمدهای دولت محسوب می‌شود. از سوی دیگر گاهی دولت برای تامین مخارج خود به بانک‌های تحت نفوذ خود فشار می‌آورد که پول خرج های دولت را بدهند. مثلا به بانک کشاورزی فشار می‌آورد تا هزینه خرید گندم تضمینی را متقبل شود.
در این روش نیز بانک‌های برای پوشش کسری بودجه خود از بانک مرکزی استقراض می‌کنند. در واقع به جای استقراض مستقیم دولت از بانک مرکزی، دولت با واسطه بانکها از بانک مرکزی استقراض می‌کند. اثر این کار رشد پایه پولی و نقدینگی و در نتیجه تورم خواهد بود. ضمن اینکه این امر سبب می‌شود که این بانکها در تامین مالی بخش غیر دولتی هم دچار مشکل شوند. به بیان دیگر در هر سه روش فوق عملا کسری بودجه دولت منجر به آثار تورمی خواهد شود.
به عبارت دیگر گرچه دولت یا مجلس با انگیزه خیر و در حالی که منابع کافی ندارند، هزینه‌هایی را در بودجه در نظر می‌گیرند اما در عمل تورم بیشتری را در سال‌های بعد به مردم تحمیل می‌کنند. نهایتا دولت با انگیزه‌های قابل دفاع عملی را انجام می‌دهد که به زیان اقشار مختلف جامعه به ویژه فرودستان و طبقه کارگر منجر می‌شود.